本中心組織架構說明如下：
設有主任及副主任各一人，中心單位分別有專線救援組、兒童少年保護一、二組、成人保護一、二組、性侵害防治組、綜合規劃及行政組、暴力防治組(派兼)、醫療服務組(派兼)、人事管理員、會計員。
