本中心組織架構說明如下：
設有主任、副主任及主任秘書各一人，中心單位分別有專線救援組、兒童少年保護組、成人保護組、性侵害防治組、綜合規劃及行政組、暴力防治組(派兼)、醫療服務組(派兼)、教育輔導組(派兼)、會計室、人事室。
